Οι 24 Μονάδες Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών (Μ.Δ.Π.Π.), οι οποίες λειτουργούν σε επίπεδο Τμήματος στον Ο.ΦΥ.ΠΕ.Κ.Α., μαζί με τις Αποκεντρωμένες Διοικήσεις, τις Περιφέρειες και τους Δήμους, πλέον θα συγκροτούν το Σύστημα Διακυβέρνησης Προστατευόμενων Περιοχών σε περιφερειακό επίπεδο.
1. Μ.Δ Εθνικών Πάρκων Δέλτα Έβρου, Δαδιάς και Προστατευόμενων Περιοχών Ανατολικής Θράκης
2. Μ.Δ Εθνικών Πάρκων Δέλτα Νέστου – Βιστωνίδας – Ισμαρίδας και Ροδόπης
3. Μ.Δ Εθνικών Πάρκων Κορώνειας – Βόλβης, Κερκίνης, Θερμαϊκού και Προστατευόμενων Περιοχών Κεντρικής Μακεδονίας
4. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Πρεσπών και Προστατευόμενων Περιοχών Δυτικής Μακεδονίας
5. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Ολύμπου
6. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Βόρειας Πίνδου
7. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Ηπείρου
8. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Δυτικής Θεσσαλίας
9. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Αλοννήσου – Βορείων Σποράδων και Προστατευόμενων Περιοχών Ανατολικής Θεσσαλίας
10. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Κοιλάδας Αχελώου και Αμβρακικού Κόλπου
11. Μ.Δ Εθνικών Εθνικών Πάρκων Ζακύνθου, Αίνου και Προστατευόμενων Περιοχών Ιονίων Νήσων
12. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Μεσολογγίου και Προστατευόμενων Περιοχών Δυτικής Στερεάς Ελλάδας
13. Μ.Δ Εθνικών Πάρκων Παρνασσού, Οίτης και Προστατευόμενων Περιοχών Ανατολικής Στερεάς Ελλάδας
14. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Σκύρου και Ευβοίας
15. Μ.Δ Εθνικών Πάρκων Πάρνηθας, Σχοινιά και Προστατευόμενων Περιοχών Σαρωνικού Κόλπου
16. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Κεντρικού Αιγαίου
17. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Σαμαριάς και Προστατευόμενων Περιοχών Δυτικής Κρήτης
18. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Ανατολικής Κρήτης
19. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Νοτιο-Ανατολικού Αιγαίου
20. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Βορειο-Ανατολικού Αιγαίου
21. Μ.Δ Κορινθιακού Κόλπου
22. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Χελμού – Βουραϊκού και Προστατευόμενων Περιοχών Βόρειας Πελοποννήσου
23. Μ.Δ Εθνικού Πάρκου Υγροτόπων Κοτυχίου – Στροφυλιάς και Προστατευόμενων Περιοχών Δυτικής Πελοποννήσου
24. Μ.Δ Προστατευόμενων Περιοχών Νότιας Πελοποννήσου